Die Pfarre Gneis liegt am Südrand der Stadt Salzburg und erstreckt sich entlang der Berchtesgadner Straße vom Kommunalfriedhof bis an die Stadtgrenze. Die Pfarre zählte mit Jahresbeginn 2024 ca. 2400 Kirchenmitglieder. Zum Vergleich: die entsprechenden Zählsprengel der Stadt Salzburg umfassten zum 01.01.2024 ca. 5900 Personen, allerdings weichen Pfarr- und Zählsprengelgrenzen etwas voneinander ab.
Im Jahr 2019 wurde die Pfarre ein Teil des Pfarrverbands Salzburg-Mitte, welcher mittlerweile 6 Pfarren umfasst.
Die Pfarre Gneis wurde im Jahr 1967 errichtet und von ihrer Mutterpfarre Morzg abgetrennt.
Die ländlich geprägte und bis dahin selbständige Gemeinde Morzg war im Jahr 1939 in die Stadt Salzburg eingemeindet worden. Nach dem Ende des 2. Weltkriegs wurden im Ortsteil Gneis viele Heimatvertriebene angesiedelt und wuchs die Bevölkerung stark an. Daher wurde im Jahr 1964 mit dem Bau einer eigenen Kirche begonnen.
Bereits 1960 war ein Architektenwettbewerb durchgeführt worden, den der aus Mähren stammende Architekt Erich Gerlich gewann. Am 14.11.1964 erfolgte der Spatenstich für den ersten Bauabschnitt mit Kirche, Werktagskapelle und Sakristei. Am 22. 10.1967 wurde die Kirche vom Erzbischof Andreas Rohracher zu Ehren des Hl. Johannes Capistran eingeweiht. Der zweite Bauabschnitt mit Pfarrzentrum und Kindergarten wurde am 18.11.193 von Erzbischof Karl Berg eröffnet.
| 1964 | Spatenstich Kirchenbau | |
| Jan. 1967 | Canonische Errichtung der Stadtpfarrkirche zum hl. Johannes von Capistran | |
| März 1967 | erster Pfarrer Wilhelm Wirsam | |
| Okt. 1967 | feierliche Weihe der Kirche durch Erzbischof Andreas Rohracher | |
| 1968 | Kauf des alten Pfarrhofs | |
| 1969 | Einweihung der Orgel | |
| 1970 | neuer Pfarrer Josef Schüßleder | |
| 1973 | Eröffnung von Pfarrhof und Kindergarten | |
| 1975 | Einbau von Glockenstuhl und Kirchturmuhr | |
| 1987 | neuer Pfarrer Heinrich Wagner | |
| 1988 | Eröffnung Weltladen | |
| 1991 | umfangreiche Renovierung, Neugestaltung des Altarraumes | |
| 1998 | neuer Pfarrer Peter Zeiner | |
| 2002 | Erweiterung Kindergarten | |
| 2004 | Sanierung und Gestaltung des Kirchenplatzes | |
| 2005 | Eröffnung der Wohnanlage auf der ehemaligen Pfarrwiese | |
| 2016 | Verkauf des alten Pfarrhofs, Generalsanierung des Pfarrzentrums | |
| 2017 | Generalsanierung des Innenraums der Pfarrkirche | |
| 2019 | neuer Pfarrer Alois Dürlinger, Gneis kommt zum Pfarrverband Salzburg-Mitte | |
| 2021 | Orgelsanierung | |
| 2022 | Betrieb des Pfarrkindergartens wird an die St. Erentrudis-Stiftung übergeben | |
| 2023 | Sanierung Kirchturm |